Au départ, Michael Dudok de Wit avait pensé mettre en scène des dodos, ces grands oiseaux originaires de l’île Maurice, munis d’un bec crochu qui leur donne une drôle de tête. Il a finalement abandonné l’idée, qui aurait sans doute permis de dater plus précisément le moment où se déroule l’histoire, l’oiseau ayant disparu à la fin du XVIIe siècle avec l’arrivée des Européens.

Puis est venue l’idée de la tortue comme animal totémique. Dudok de Wit, parti faire des repérages dans une île des Seychelles, a beaucoup observé la faune, la flore et la lumière. Il a même été victime d’une fièvre tropicale qui lui a donné des hallucinations dont on retrouve des traces dans le film.

C’est aussi sur une plage des Seychelles qu’il a vu une tortue moribonde, s’apprêtant probablement à accoucher. Quand le réalisateur demanda aux habitants de l’île s’il ne fallait pas faire quelque chose pour sauver l’animal, ceux-ci répondirent qu’il valait mieux la laisser là. Et en effet, quelques temps plus tard, le réalisateur vit que la tortue, remise sur pieds, retournait tranquillement vers l’océan. L’expérience concrète du monde peut ainsi constituer une part essentielle de la fabrication d’un film d’animation, quand bien même celui-ci ne serait, comme on dit, qu’une œuvre d’imagination.

Pendant la fabrication du film le cinéaste, qui n’arrivait pas à faire exister pleinement le personnage féminin, se fit aider par Pascale Ferran, une cinéaste et scénariste qui a plusieurs longs métrages à son actif, dont Bird People (2014) où une jeune femme se transforme en moineau. Il aura en tout fallu plus de cinq ans, entre les premières discussions avec les producteurs de Ghibli et la présentation du film à Cannes en 2016, pour que La Tortue rouge soit enfin montré aux spectateurs.